Primerjava učinkovitosti izolacije DNA med različnimi kulturami cianobakterij

Avtorica:

Eva Skeledžija 3.d

Mentorica:

Sonja Artač

Somentorja:

doc. dr. Tina Eleršek – Nacionalni inštitut za biologijo, Maša Jablonska – Nacionalni inštitut za biologijo

Ključne besede:

DNA, izolacija DNA, spektrofotometrija, fluorometrija, cianobakterije

Povzetek:

Cianobakterije se med seboj razlikujejo po mnogih značilnostih, mi pa smo se v tej raziskovalni nalogi osredotočili na razlike v obliki celic, tvorbi kolonij in debelini celičnega ovoja. Te razlike lahko vplivajo na učinkovitost izolacije DNA. Če na primer celičnega ovoja ne moremo v celoti uničiti pred izolacijo, ne moremo izolirati vse DNA, saj ostane ujeta v celicah. Samo izolacijo lahko zavirajo različni sekundarni metaboliti iz cianobakterij ali druge snovi v vodi oziroma okolju.

Podatek o učinkovitosti izolacije je ključen pri raziskovanju biodiverzitete cianobakterij. Poleg tega učinkovita izolacija DNA omogoča tudi uporabo cianobakterij v biotehnoloških panogah, kot so na primer pridelava biogoriv in farmacevtskih izdelkov. Učinkovita izolacija DNA je ključna tudi za genski inžiniring, kjer spreminjanje genskega zapisa cianobakterij odpira možnosti za proizvodnjo različnih industrijsko pomembnih snovi, npr. biorazgradljive plastike ali vodika kot vira energije.

Izvedli smo raziskavo, kjer smo primerjali učinkovitost izolacije DNA med dvema različnima cianobakterijskima kulturama z različnimi morfološkimi značilnostmi. Uporabili smo kokoidni enocelični vrsti cianobakterij, in sicer Microcystis sp. PCC 7806 in Synechococcus sp. PCC 7002. Pričakovano koncentracijo DNA v začetni kulturi smo že vnaprej izračunali na podlagi znanih podatkov o velikosti genoma posameznih kultur in koncentraciji celic v kulturi. Naposled smo DNA izolirali in z metodama spektrofotometrije in fluorometrije izmerili koncentracijo DNA po izolaciji ter jo primerjali z izračunano koncentracijo pred izolacijo.